MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Borrelia hermsii DAH clone fragment 1029

Total Repeats: 115

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NT_187138	ACA	2	6	2246	2251	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	426202329
2	NT_187138	CTTA	2	8	2334	2341	25 %	50 %	0 %	25 %	426202329
3	NT_187138	AAT	2	6	2364	2369	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202329
4	NT_187138	AGA	2	6	2393	2398	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202329
5	NT_187138	AGA	2	6	2426	2431	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202329
6	NT_187138	ATT	2	6	2726	2731	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202329
7	NT_187138	AGTAA	2	10	2732	2741	60 %	20 %	20 %	0 %	426202329
8	NT_187138	A	7	7	2968	2974	100 %	0 %	0 %	0 %	426202330
9	NT_187138	AAT	2	6	2994	2999	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202330
10	NT_187138	TAA	2	6	3000	3005	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202330
11	NT_187138	ATG	3	9	3022	3030	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202330
12	NT_187138	GTT	2	6	3034	3039	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202330
13	NT_187138	ACA	2	6	3057	3062	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	426202330
14	NT_187138	GCA	3	9	3088	3096	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202330
15	NT_187138	GAA	2	6	3107	3112	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202330
16	NT_187138	AGA	2	6	3221	3226	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202330
17	NT_187138	GGT	2	6	3256	3261	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	426202330
18	NT_187138	AGA	2	6	3288	3293	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202330
19	NT_187138	A	6	6	3300	3305	100 %	0 %	0 %	0 %	426202330
20	NT_187138	ACT	2	6	3376	3381	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202330
21	NT_187138	TGA	2	6	3426	3431	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202330
22	NT_187138	AGT	2	6	3435	3440	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202330
23	NT_187138	CAA	2	6	3460	3465	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	426202330
24	NT_187138	TGA	2	6	3480	3485	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202330
25	NT_187138	GCA	2	6	3529	3534	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202330
26	NT_187138	ACA	2	6	3571	3576	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	426202330
27	NT_187138	ATA	2	6	3596	3601	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202330
28	NT_187138	GCA	2	6	3640	3645	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202330
29	NT_187138	CAT	2	6	3659	3664	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202330
30	NT_187138	AAG	2	6	3719	3724	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202330
31	NT_187138	AGC	2	6	3741	3746	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202330
32	NT_187138	AGG	2	6	3783	3788	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	426202330
33	NT_187138	AGC	3	9	3825	3833	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202330
34	NT_187138	AGG	2	6	3840	3845	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	426202330
35	NT_187138	ATA	2	6	3896	3901	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202330
36	NT_187138	AGC	2	6	3918	3923	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202330
37	NT_187138	GCA	2	6	3934	3939	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202330
38	NT_187138	TTA	2	6	3946	3951	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202330
39	NT_187138	AGA	2	6	3960	3965	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202330
40	NT_187138	AAG	2	6	3973	3978	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202330
41	NT_187138	A	6	6	4010	4015	100 %	0 %	0 %	0 %	426202330
42	NT_187138	AGAT	2	8	4056	4063	50 %	25 %	25 %	0 %	426202330
43	NT_187138	TAA	3	9	6499	6507	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202331
44	NT_187138	TTTA	2	8	6512	6519	25 %	75 %	0 %	0 %	426202331
45	NT_187138	A	6	6	6709	6714	100 %	0 %	0 %	0 %	426202331
46	NT_187138	GTT	2	6	6786	6791	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202331
47	NT_187138	TTA	2	6	6799	6804	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202331
48	NT_187138	GCA	2	6	6825	6830	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202331
49	NT_187138	AGC	2	6	6842	6847	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202331
50	NT_187138	AAGAT	2	10	6865	6874	60 %	20 %	20 %	0 %	426202331
51	NT_187138	CTG	2	6	6889	6894	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202331
52	NT_187138	AGCC	2	8	6902	6909	25 %	0 %	25 %	50 %	426202331
53	NT_187138	CTG	2	6	6910	6915	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202331
54	NT_187138	TTG	2	6	6958	6963	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202331
55	NT_187138	CTA	2	6	6997	7002	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202331
56	NT_187138	CAG	2	6	7006	7011	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202331
57	NT_187138	GAT	2	6	7014	7019	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202331
58	NT_187138	A	6	6	7020	7025	100 %	0 %	0 %	0 %	426202331
59	NT_187138	GTT	2	6	7037	7042	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202331
60	NT_187138	A	6	6	7050	7055	100 %	0 %	0 %	0 %	426202331
61	NT_187138	GAT	2	6	7056	7061	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202331
62	NT_187138	AGA	2	6	7067	7072	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202331
63	NT_187138	GCA	2	6	7197	7202	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202331
64	NT_187138	AAGA	2	8	7233	7240	75 %	0 %	25 %	0 %	426202331
65	NT_187138	AAG	2	6	7257	7262	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202331
66	NT_187138	AGC	2	6	7274	7279	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202331
67	NT_187138	AGC	2	6	7457	7462	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202331
68	NT_187138	A	7	7	9981	9987	100 %	0 %	0 %	0 %	426202332
69	NT_187138	AAT	3	9	10007	10015	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202332
70	NT_187138	TTTA	2	8	10019	10026	25 %	75 %	0 %	0 %	426202332
71	NT_187138	TAG	2	6	10033	10038	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202332
72	NT_187138	T	6	6	10112	10117	0 %	100 %	0 %	0 %	426202332
73	NT_187138	CAT	2	6	10129	10134	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202332
74	NT_187138	A	6	6	10178	10183	100 %	0 %	0 %	0 %	426202332
75	NT_187138	TAA	2	6	10247	10252	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202332
76	NT_187138	GATAA	2	10	10338	10347	60 %	20 %	20 %	0 %	426202332
77	NT_187138	GTT	2	6	10431	10436	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202332
78	NT_187138	TAG	2	6	10474	10479	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202332
79	NT_187138	GTA	2	6	10482	10487	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202332
80	NT_187138	ATG	2	6	10555	10560	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202332
81	NT_187138	GTT	2	6	10571	10576	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202332
82	NT_187138	TGC	2	6	10595	10600	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202332
83	NT_187138	AAT	2	6	10605	10610	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202332
84	NT_187138	AGG	2	6	10631	10636	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	426202332
85	NT_187138	GGT	2	6	10662	10667	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	426202332
86	NT_187138	TAG	2	6	10679	10684	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202332
87	NT_187138	TGC	3	9	10697	10705	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202332
88	NT_187138	AAG	2	6	10801	10806	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202332
89	NT_187138	TAA	2	6	10868	10873	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202332
90	NT_187138	GAT	3	9	14595	14603	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202333
91	NT_187138	GGGA	2	8	14645	14652	25 %	0 %	75 %	0 %	426202333
92	NT_187138	ATAAGT	2	12	14675	14686	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	426202333
93	NT_187138	AGAA	2	8	14793	14800	75 %	0 %	25 %	0 %	426202333
94	NT_187138	GA	4	8	14809	14816	50 %	0 %	50 %	0 %	426202333
95	NT_187138	GAA	2	6	14848	14853	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202333
96	NT_187138	GTT	2	6	14865	14870	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202333
97	NT_187138	AAAG	2	8	14884	14891	75 %	0 %	25 %	0 %	426202333
98	NT_187138	TGCT	2	8	14957	14964	0 %	50 %	25 %	25 %	426202333
99	NT_187138	AAT	2	6	15010	15015	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202333
100	NT_187138	CCA	2	6	15052	15057	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	426202333
101	NT_187138	AAT	2	6	15082	15087	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202333
102	NT_187138	GAA	2	6	15151	15156	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202333
103	NT_187138	AAG	2	6	15217	15222	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202334
104	NT_187138	TA	4	8	15225	15232	50 %	50 %	0 %	0 %	426202334
105	NT_187138	AG	3	6	15282	15287	50 %	0 %	50 %	0 %	426202334
106	NT_187138	AAT	2	6	15298	15303	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202334
107	NT_187138	GAT	2	6	15389	15394	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202334
108	NT_187138	TAA	2	6	15409	15414	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202334
109	NT_187138	ATG	2	6	15423	15428	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202334
110	NT_187138	ATT	3	9	15429	15437	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202334
111	NT_187138	TGA	2	6	15459	15464	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202334
112	NT_187138	ATA	2	6	15465	15470	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202334
113	NT_187138	A	6	6	15522	15527	100 %	0 %	0 %	0 %	426202334
114	NT_187138	GTT	2	6	15530	15535	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202334
115	NT_187138	TGT	2	6	15555	15560	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202334

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.